制做酒曲是發酵過程中不可缺少的1條加工工藝，山東大曲是保證制作大曲酒的糖化發酵劑。它能直接影響著大曲酒的品質、生產量。山東酒曲的制作流程實際上就是一個匯聚釀酒微生物群落，造成發醇酶系和香味前驅化學物質的步驟，與此同時，也是一個為細小微生物菌種成就生存環境，使其繁育基礎代謝的操作流程。由于各種類型微生物菌種的生長習性不同，因此，在酒曲制作步驟時需要考慮其變化趨勢，以成就生產制造高品質大曲的適宜環境。

制做山東酒曲也是需要微生物菌種生活標準的，微生物是自然界中遍布廣的生物體，陸上、海域、空氣，及其動、植物身體內、表皮都廣泛存在，它們遍布在土壤分層里多。因為土壤分層具備微生物菌種成長、繁育及生命活動需要的營養元素、水份、空氣、酸堿值、滲透壓和環境溫度等眾多標準，因此，產生了微生物菌種的適環境。而水是一類較好的溶劑，水里懸浮著各種無機鹽和無機化學物質，能提供微生物營養成分并使其成長、繁育。因此，水為微生物菌種棲居的又一個自然場所。

除此以外，由于空氣中根本沒有微生物菌種生長、繁育所需要的化學物質，反而陽光里的紫外光線反而有顯著抑菌作用，因此，盡管空氣并不是微生物菌種生活的良好場所，但空氣中卻懸浮著許多微生物菌種。因此可見，土壤分層、水、空氣等空氣質量標準不一樣決定著微生物菌種的總數和類型。